La culture et l'observation des champignons mycorhiziens arbusculaires

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Méthodes d’observation

Loupe binoculaire

La loupe binoculaire est probablement l’outil le plus fréquemment utilisé. On peut aisément y distinguer les spores et les hyphes mais encore faut-il savoir quoi chercher exactement. On peut observer les hyphes et/ou les spores dans les pétris selon de multiples points de vue. Le plus fréquent est d’observer sous le polymère, mais il peut arriver que les spores soient placées sur le dessus. Coté vermiculite, on détecte les hyphes de manière hâtive notamment si on a mis un peu de polymère de ce coté (Illustration ici), et finalement certaines espèces produisent des spores à la surface de la vermiculite. Il faut aussi éviter certaines erreurs d’observation. Toutes ces situations sont illustrées ci-bas.

Coté vermiculite, par le dessus.

Les sporocarpes du champignon Sclerocystis spp. sont identifiable comme autant de « points noirs). Il est bon de savoir que ce champignon produit aussi de petites spores blanches dans le polymère.

Coté vermiculite, par le dessous.

Il est possible de détecter très hâtivement des hyphes qui se développent après une inoculation en examinant dans le polymère coté vermiculite. Ici un hyphe de Diversispora varaderana traverse l’écran de gauche à droite, 14 jours après avoir été inoculé avec un « moton » de racines colonisées. Le montage du dispositif est ici: Illustration montage.
On identifie aisément les spores orangées de Gigaspora rosea parmi les racines sous la vermiculite

Coté polymère, par le dessous.

Les spores de Diversispora varaderana, reliées entre elles par les hyphes, sont aisément identifiable dans le polymère. Selon les espèces, leur couleur, taille et disposition en grappes ou isolées peut varier grandement.
En plus des grappes de spores, certains champignons sont bien visibles à l’intérieur des racines. Ici Rhizophagus irregularis a produit de nombreuses vésicules à l’intérieur des racines.

Coté polymère, par le dessus.

Gigaspora rosea produit aussi des spores à la surface des grains de polymère.

Sur la membrane mitoyenne ou sur les cotés du pétri

Toutes les surfaces semblent convenir à Gigaspora rosea

À ne pas confondre:

Poils absorbants


Les poils absorbants des racines sont nombreux et ne sont jamais ramifiés. Ils sont généralement courts et croissent perpendiculairement aux racines. La densité des poils absorbants varie sur les segments de la racines, ainsi qu’en fonction des espèces végétales.

Éraflures sur le pétri

Il est facile et tentant de confondre les éraflures du pétri avec des hyphes. Les éraflures ne sont généralement pas ramifiées et ont des profils rectilignes.

Motifs de diffraction

Les variations de densité du polymère ainsi que les interfaces entre les grains produit des motifs de diffraction qu’il est facile de confondre avec des hyphes. Ils ne sont pas aussi bien nettement marqués que les hyphes, surtout si on dispose d’un bon éclairage.

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Microscope droit (à venir)

  • Observer à travers le polystyrène du fond du pétri
  • Observer à travers une lamelle au fond du pétri
  • Observation des spores sur lamelles

Observer à travers le polystyrène du fond du pétri

Il s’agit ici de

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Microscope inversé (en construction)

Une bonne pratique pour l’usage du microscope inversé consiste à réaliser un premier examen au binoculaire et à marquer (au crayon feutre noir) les zones d’intérêt.

Règle générale (99% du temps), les observations se font sans enlever le couvercle ni tenter de retirer les condensation sur le couvercle. Cela permet de minimiser les manipulations et les perturbations du système. L’éclairage incident devra alors traverser les grains de polymère et des gouttes d’eau avec de nombreux effets de réfraction irrégulière. Bien que les effets de réfraction affectent négativement la qualité des images, il demeure possible de produire d’excellents observations.Les meilleur sujets: hyphes, spores ou racines, sont à l’intérieur d’un grain de polymère qui est lui-même collé sur le fond du pétri car les effets de réfraction y sont minimisés.

Observation à travers le polystyrène du fond du pétri

Ce sont les opérations les plus simples

Observation à travers une lamelle sur le fond du pétri

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